The Runnymede Trust raporu ile birlikte 1997 yılından itibaren yoğun bir şekilde kullanılmaya başlanan İslamofobi kavramı polemikleri de beraberinde getirmiştir. Kavramın meşruiyeti, geçerliliği, tanımı ve kapsamı tartışma konusu yapılmaya devam edilmektedir. Ancak özellikle 11 Eylül 2001 İkiz Kule saldırılarından sonra İslam ve Müslüman nefreti ve düşmanlığının artış göstermesi ile birlikte İslamofobi kavramı uluslararası kuruluşlar tarafından kullanılmaya başlanırken sayısız bilimsel çalışma ve onlarca raporda da yerini almıştır. İnsan hakları ve din ve vicdan özgürlüğü ihlali anlamına gelen İslamofobi önyargı, kalıp yargı ve klişelere dayalı ayrımcılıklarla öne çıkmaktadır. Özellikle raporlar Müslümanların şahıslarına, ibadet yerlerine, dini sembol ve referanslarına yönelik ortaya çıkan nefret söylemi ve nefret suçları verilerini içermektedir. İslamofobik unsurların daha görünür olmasına katkı sağlayan raporların İslamofobiyi nasıl tanımladıkları, verileri nasıl elde ettikleri, verileri hangi kriterlere göre tasnif ettikleri ve sınırlılıkları çalışmaları hazırlayan kişi ve kuruluşların ideolojik yaklaşımlarının süzgecinden geçmektedir.